A fokhagyma összes jótékony hatásának felsorolására nem vállalkozhatok,de tudományosan is bizonyított tény, hogy felvértezi a szervezetet a baktériumokkal és vírusokkal szemben.  A fokhagyma fő hatóanyaga az erőteljes antibiotikus hatású allicin, amely emésztés közben az allináz enzim hatására keletkezik a növényben lévő allinból.  Az allicin reakcióba lép a szervezetet megtámadó baktériumban vagy parazitákban lévő kéntartalmú fehérjék csoportjával és gátolja azok működését.  Gyógyhatását a benne található kénvegyület okozza, amely a fogyasztásával járó kellemetlen leheletért is felelős.  Nyersen fogyasztva a légutakat is tisztítja.

A fokhagyma serkenti a fehérvérsejtek működését, antibakteriális és antimikotikus (gombaellenes) hatása révén légúti megbetegedések és a Candida albicans okozta fertőzések kezelésében használatos. Rendszeres, kúraszerű alkalmazása csökkenti a vér káros LDL-koleszterin-szintjét, antioxidánsként serkenti az immunrendszert, csökkenti a mellkasi fertőzéseket, véralvadásgátló- és vérnyomáscsökkentő. Főbb hatásai közé sorolandó még nyálkaoldó hatás. A népi gyógyászatban meghűléses betegségeket is gyógyítanak vele. A fokhagyma baktériumölő hatásának köszönhetően tisztítja a szervezetet, kiválóan felpörgeti a fogyókúrát és lassítja az öregedési folyamatokat is. Megnyugtatja a szapora szívverést, a szívizomgörcsökre is jótékony hatással van, és véralvadásgátló hatása révén segít megelőzni a szívinfarktust okozó vérrögök kialakulását. Jó hatású a vénás és visszérbetegségek, valamint aranyérpanaszok esetén is. Enyhíti a menstruációs görcsöket, tágítja az ereket. Külsőleg gennyes sebek illetve herpesz kezelésére használható.

Kísérletek bizonyítják, hogy elősegíti az ólom kiürülését a szervezetből, valamint a rák megelőzésében is szerepe van.

Régi mondás, hogy a tartós egészség feltétele naponta egy vöröshagyma, két gerezd fokhagyma és három alma.